Um 1180 ist die St. Peter Kirche, die sich auf einer Sichtachse mit Rathaus und Burg am höchsten Punkt der Stadt erhebt, nachgewiesen. Es handelte sich um eine dreischiffige romanische Säulenbasilika. Zwar ist der Johanniterorden erst 1234 zum ersten Mal im Zusammenhang mit der Verleihung von Fischereirechten in Weißensee erwähnt, aber er wirkte dort mit Sicherheit schon lange vorher. Betrachtet man die Giebelseite der Kirche vom Marktplatz aus, so ist die ursprüngliche Dimension des Vorgängerbaus der heutigen Kirche noch sehr gut an der Mauerstruktur erkennbar. Der Johanniterorden erhält 1253 die Patronatsrechte und um 1300 wird die Stadtkirche auch als Klosterkirche der Johanniter erwähnt. Die Johanniter hatten in Weißensee, einer Stadt, die durch die Anwesenheit der landgräflichen Burg ein Ort höchster höfischer Macht darstellte, ihr administratives Zentrum in Thüringen errichtet.
Seit dem 14 Jahrhundert hat St. Peter den Status eines Doms und 1463 erhält die Kirche auch das St. Paulus Patronat und ist seitdem die Kirche St. Peter und Paul.