Reformation

1539 wird die Kirche evangelisch. Martin Luthers Wittenberger Kollege Philipp Melanchthon weilt zu einer Kirchenvisitation in der Stadt. Neben theologischen Fragen erörtert man bauliche Veränderungen. Das kunstvoll gearbeitete Armreliquiar des Guten Conrad wird entfernt. Da die Stadtkirche aber auf landesherrschaftlichem Geheiß im Besitz des Johanniter-Ordens bleiben darf und der evangelischen Gemeinde lediglich zur Nutzung gestellt wird, halten sich die Bauaktivitäten damals in Grenzen.

Ein sehr gut erhaltener Beichtstuhl der lutherischen Kirche ist noch heute in der Kirche zu sehen. Luther war nicht gegen die Beichte zur Erreichung der Absolution, aber gegen die Ohrenbeichte zum reichen Sündenbekenntnis. Die Kirche selbst bleibt kulturelles Zentrum, aber die Bausubstanz beginnt zu leiden.